Нашел
ответ. Нужно подключить плагин
InAppBrowser после чего, можно инжектить код на определенные страницы следующим образом:
var ref = window.open('http://apache.org', '_blank', 'location=yes');
ref.addEventListener('loadstop', function() {
ref.executeScript({file: "myscript.js"});
});
Если для сборки используется Phone Gap Build, то в теории для подключения плагина достаточно в конфигах указать:
<plugin name="cordova-plugin-inappbrowser" source="npm" />
Но это не точно, так как не проверял.