Где расположен $PATH?

Question

[wolverine777]

Привет, я пытаюсь использовать уже написанную программу для биоинформатики (www.di-tector.cyame.eu) и после того как я ее запускаю со всеми параметрами и входными аргументами я получаю следующее:

FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory: 'samtools': 'samtools'

При этом при запуске программы в самом начале написано следующее:

=================================
Program: DI-tector
Version: 0.6 - Last modified 25/05/2018
=================================
Requirement: (must be in your $PATH)
-bwa
-samtools

Optional: (must be in your $PATH)
-bedtools

Что значит must be in your $PATH ?

Куда нужно установить эти самые samtools и bwa?

Огромное спасибо!

Answer 1

[alex1478]

Нужно добавить в переменную $PATH пути до bwa и samtools
Примерное так (выполнить перед запуском программы):

export PATH=$PATH:/путь_до_директории_с_выше_указанными_файлами

Answer 2

[Saboteur]

ну четко же написано. Видимо есть исполняемые файлы bwa и samtools, директория где они лежат должны быть в переменной PATH
посмотрите куда они установились и добавьте этот путь в PATH.