Мне кажется, смотря какие цели у скрипта и какова сложность его работы. Раньше я всё писал без фреймворка, и скрипты, и движки для своих проектов. Теперь же написал CMS на Yii под личные нужды, а скрипты пишу на чистом php, всё зависит от задач и просто от личных предпочтений.