Все зависит от того, как настроена многосайтовость.
Если это физически разные директории на сервере, то руками скопировать изменение во все аналогичные файлы index.php
Если это один файл, и код выводится в зависимости от SITE_ID, то нужно смотреть сам код и внести изменения так, чтобы он отображался при всех условиях.