Использую firebag, так как привык к нему. Встроенную консоль использую только для просмотра в 3d - чрезвычайно наглядно и очень удобно.
Значительных отличий нет, но для firebag есть множество разных плагинов, которые расширяют и без того отличную функциональность, правда в ущерб быстродействию. Но тут при отлове багов не быстрота нужна, а функционал.