Можно сохранить маркер в переменную и достать оттуда его координаты, после чего можно центрировать карту
$(".address-map__item").click(function(e) {
e.preventDefault();
var placemark = placemarks[$(this).attr("id").replace("marker-", "")];
myMap.setCenter(placemark.geometry._coordinates);
placemark.balloon.open();
});
P.S. Понимаю, что поздно, но твой пример помог мне разобраться в другом вопросе. Надеюсь мой ответ тоже кому-то поможет.