SELECT region_id, map_id, company_id, pos
FROM regions
WHERE
ST_Contains(coords, GeomFromText('POINT(65.550001 57.146704)'))
AND
city_id = '522052229c7684e76a27982d'
GROUP BY map_id
По стандарту SQL в запросе с группировкой в части перечисления полей (то, что идет после SELECT) можно указывать ТОЛЬКО те поля, по которым идет группировка, или которые используются с групповыми функциями (sum, max, group_concat, ...)