От решения зависит, тут мало данных.
Хорошее решение повесит MutationObserver и сделает всё само (не ваш случай, видимо).
Умеренно хорошее решение должно иметь метод .update() или что-то в таком духе.
Такое себе решение имеет метод destroy(), который DOM возвращает к исходному состоянию, чтобы можно было вставить и инициализировать заново.
Для всего остального - храним где-то наши данные, в случае необходимости убиваем узел целиком, формируем новый DOM, инициализируем плагин заново.