вы определили переменную равную последнему инпуту при загрузке страницы
input = $('input:last')
т.е. в этой переменной содержится текущий последний элемент. теперь при del.click будет удаляться именно тот элемент из DOM.
надо внутри функции удаления определять текущий последний инпут на странице
del.click(function(){
let input = $('input:last');
input.remove();
});