Создаёте некий временной квант, допустим, секунда.
На каждого юзера вешаете переменную с количеством, допустим, "delay", по умолчанию равное 0.
Каждую секунду бот сканит все сообщения и реагирует на них, строго раз в секунду.
Если delay больше 0, то ничего пользователю не пишем и в любом случае каждую секунду уменьшаем delay на 1.
Усекли?
Хотим заигнорить юзера - прописываем ему в delay кол-во секунд, во время которых бот не будет ему ничего писать.