Вам нужен батник, который это делает?
file1.js стартуйте через команду start
file2.js - старутйте обычным образом (без start).
Они, конечно, стартуют не одновременно, но по крайней мере file2.js запустится сразу после того как стартанет file1.js. При этом батник будет ждать когда закончит выполнение file2.js и только после этого продолжит выполняться дальше.
В конце стартуйте file3.js.
Если до старта file3.js нужно убедится что точно file1.js и file2.js завершили работу (file2.js точно уже завершил работу, а вот file1.js все еще может работать, т.к. запускался через start и с ним батник никак не синхронизирован), то перед его стартом нужно с помощью tasklist в цикле с паузой проверять работает ли еще file1.js.