это делается при помощи передачи картам массива объектов для отрисовки. собственно что бы сделать надо подготовить данные и вызвать необходимые методы API карт.
у яндекса есть "своя карта" куда можно накидать объектов (в интерфейсе яндекса) и вставить ее на сайт.