CSS только вручную с помощью каких-нибудь браузерных расширений.
И то не получится нормально ничего без хорошей проверки ручной и понимания кода.
Автоматически вычистит какие-то совсем очевидные куски возможно, и то нет гарантии что это ничего не сломает.
1. Есть всякие @media которые тестировать руки отвалятся
2. JS скрипты, не говоря уже про Vue/Reactы которые могут классы генерировать на лету из ничего например.
3. JS опять же нужно проверить все возможные условия срабатывания скриптов и логики.
JS - IDE в помощь, но в целом всё тоже самое, всё очень динамическое чтобы какие-то скрипты могли однозначно сказать что это используется или не используется.
