Попробуйте так:
set isql="C:\\Program Files(x86)\\FireBird\\FireBird_2_1\\BIN\\isql.exe"
echo ^
SELECT C.CODE AS "Табельный", C.NAME AS "Ф.И.О.", T.TRANZDATE AS "Дата", max(T.TRANZTIME) AS "Время", T.INFOSTR AS "Карта" sum(T.SUMM) AS "Сумма" FROM DOCUMENT D LEFT JOIN TRANZT T ON D.ID = T.DOCUMENTID JOIN CLIENT C ON D.CLIENTID = C.ID WHERE T.TRANZDATE = cast('now' as date) and D.STATE = 1 AND D.ISFISCAL = 1 AND D.CLIENTID >=0 AND T.TRANZTYPE = '36' GROUP BY C.CODE, C.NAME, T.TRANZDATE, T.INFOSTR; ^
| %isql% 127.0.0.1/3050:E:\Torgovlya54\MAIN.GDB sysdba masterkey > outputfile.txt
Каждая строчка, передаваемая isql должна закачиваться "^", чтобы попасть в одну команду с echo и передаться на вход isql.
Весь выхлоп isql направлен в текстовый файл.
У меня винды под рукой нет и файрбёрда тем более. так что пробуйте сами. Пишите если не получится -- будем еще смотреть.