Использую перенос всех js-скриптов в подвал (Переместить весь Javascript в конец страницы).
Уберите эту галку - это плохая идея. Она сводится к обработке на каждом хите страницы регулярками.
Но счетчики Метрики, Google Analitics, Facebook должны быть в .
Не должны, а хотят. Для них это хорошо, для вас это плохо. В том числе и потому что считать они будут даже не догруженные до конца страницы.
Пробовал просто использовать в header.php, но все равно уносится все в подвал. Как быть? Как выборочно оставить скрипты в ?
Как написал - снять все галки, а скрипты размещать вручную.
Для вывода добавленных через ядро вы можете использовать $APPLICATION->ShowHeadScripts();
Разместив это в подвале и или в шапке, а в альтернативной части страницы просто
<script></script>