Проблема связана с тем что у вас на сервере используется apache+nginx связка
в результате обращение к апачь идет от nginx собственно он его логи и пишет.
Для устранения данной проблемы используется
mod-rpaf
Суть его в том что он подставляет в логи вместо айпи прокси, реальные айпи посетителей nginx.
Есть еще пара тем которые он якобы делает но это хрень, поскольку все маны в интернете написаны с ошибкой и подмена протокола по факту не работает, но к сути это не относится.
Все что вам нужно это зайти в его конфиг и правильно выставить значение. RPAFproxy_ips