Необходимо сделать то же, что делается с помощью $setOnInsert в pymongo
class User(Document):
test = IntField()
User(test=5).update(test=6,tost=7,upsert=True) # Необходимо сделать еще одно поле tust=8, если выполняется upsert (в самой монго для этого есть $setOnInsert)