1. Деплоите ваше приложение в томкат.
2. Стандартным образом настраиваете проксирование в нгинксе.
3. С помощью certbot`а получаете сертификаты, добавляете HTTPS в конфиг нгинкса.
Все пункты обычно никаких трудностей не вызывают, благо многократно описаны в этих ваших инторнетах.