var arr = [
["apple", 32, 2020], ["pen", 32, 2020], ["apple", 32, 2020], ["apple", 32, 2020], ["pen", 32, 2020]
];
var result = [
{"apple": [0, 2, 3]}, // [0, 2, 3] - индексы всех повторений "apple" из исходного массива
{"pen": [1, 4]}, // [1, 4] - индексы всех повторений "pen" из исходного массива
];