Зависит от движка MySQL, его настроек и запроса. Например обновление одного рядка в Innodb обычно блокирует только эту строку, в MyISAM блокируется вся таблица. В случае SELECT FOR UPDATE (Innodb) блокируются все выбранные строки до завершения транзакции. Операции со схемами, типа CRUD полей/ключей/констрейнтов/транкейт - блокируют таблицу полностью.
Более детально гуглите на тему: уровни изоляции транзакций mysql.