возможно нет прав на удаление,
откройте терминал, перейдите в папку которая содержит указанную папку
cd /path/name
наберите
sudo chmod 777 -vR НАЗВАНИЕ_ПАПКИ
rm -vrf НАЗВАНИЕ_ПАПКИ
PS: пробовали из терминала удалить? или из файлового менеджера?
В атом надо в выпадающем меню выбирать не Delete а Remove Project Folder, затем, если необходимо удалить через файловый менеджер.