есть пример https://jsfiddle.net/shux1rtw/1/
в правой части сделан слайдер у него смена слайда происходит на прокрутку колесика
но если в слайде есть блок у которого есть скролл и скрол в этом блоке не срабатывает
https://jsfiddle.net/10j2s49r/
Суть в том, чтобы понять, на каком элементе сработало событие скролла. И, если оно сработало на блоке со скроллбаром, отменять ваш кастомный скролл.