Делал вручную - без 2to3:
- правятся пути импортов модулей
- правятся print-ы если таковые есть
- правится отображение строк
- cобирается окружение из библиотек 3-го python
- запускается проект - смотрим на ошибки
- правим ошибки, повторяем предыдущий пункт - и так до успешного запуска...