А в чем, собственно проблема то?
Просто для того, чтобы сработало расширение прототипа, вам нужно вызвать этот модуль.
Оберните свой код в функцию, потом вызовите через require(ваш файл)( )
const replacer = require('./modules/replacer');
Array.prototype.replacer = replacer;
arr.replacer()
// Так не работает
// TypeError: arr.replacer is not a function
Просто хочется присоединять метод в одну строку, а не в две