Модальное окно нужно делать сразу дочерним элементом body, таким образом при fixed будет максимальный z-index.
Также если вы говорите что есть элементы которые перекрывают, то при вызове модального окна задайте им z-index либо -1 либо меньший за модальное окно. Если не работает выливайте код на песочницу посмотрим.