Привет. В коде я расписал всю проблему которую нужно решить.
// Модель пользователя
const user = new Schema({
   name: {
       familyName: String,
       givenName: String,
       middleName: String
   },
   age: Number
});
const modelUser = mongoose.model("User", User);
// Создание нового пользователя
const newUser = new modelUser({
   name: {
       familyName: "Фамилия",
       givenName: "Имя",
       middleName: "Отчество"
   },
   age: 25
})
// Сохраняем нового пользователя
newUser.save();
// Изменим имя пользователя
const doc = {
   name: {
      givenName: "Новое имя пользователя"
   }
}
modelUser.findByIdAndUpdate(newUser.id, doc, { new: true}, (err, doc) => {
   if (err) return err;
   console.log(doc) 
   // Когда мы изменяем,то получается вот это. Мне так ненужно
   /* {
          name: {
             givenName: "Новое имя пользователя"
          },
          age: 25
      } 
    */
    
   // Нужно чтобы было так
    /* {
          name: {
             familyName: "Фамилия",
             givenName: "Новое имя пользователя",
             middleName: "Отчество"
          },
          age: 25
      } 
    */
}
Как это сделать? Напишите пожалуйста :)