Ничего хорошего у тебя не получится.
Но если очень хочется, то пишешь вот такой класс
https://github.com/doctrine/dbal/blob/2.7/lib/Doct...
разница будет в том, что ты должен туда подсунуть уже имеющийся коннект к \mysqli, вместо создания нового.
Сам готовый коннект берешь из bitrix Connection::getResource().
Далее смотришь доку и инициализируешь доктрину со своим драйвером.
Нужно это для того, чтобы не висело два подключения к бд.
Но если тебе пофигу, можешь просто создать второе подключение, и тогда вообще "красота" будет