Насколько мне известно для подписи документов используется cryptopro в России (она реализует алгоритмы подписи сертифицированные), ее необходимо установить (в том числе и лицензию если потребуется), далее узнать команду для подписи файлов, вызвать эту команду из php с помощью exec, shell_exec
Универсальный вариант следующий.
1. Выбрать алгоритм и способ подписи
2. Найти софт реализующий свои пожелания под Linux
3. Установить софт
4. Вызвать команду для подписи файла из php с помощью exec, shell_exec