Для тех, кто столкнулся с этой проблемой - вместе с пеймент токеном в яндекс кассу отдаю ссылку на мой сервер "www.server.com/api/payment/success". После заполнения данных из смс для 3Ds в webview cordova смотрю за редиректами вот так
const ref = window.cordova.InAppBrowser.open(data.ConfirmURL, '_blank', 'location=yes')
ref.addEventListener('loadstart', function (event) {
const urlSuccessPage = 'www.server.com/api/payment/success'
if (event.url === urlSuccessPage) {
ref.close()
this.status = this.statuses.paySuccess
}
})