Думаю, было бы полезно понаблюдать:
1. Место на диске
2. Обновляется ли база антивируса, работает ли он вообще.
3. Что за проги у юзера стоят. Нет ли троянов, игр на десяток гигов.. и прочего мусора.
Как в заббиксе не знаю, в других инвенторилках есть функция отслеживания установки прог. (Поставилась прога - алерт на мыло)
4. Сыпется ли жесткий судя по показателям SMART.