Настройки в phpstorm такие:
Всегда их хватало, для теста с такими же настройками протестировал отправку изменений при работе с проектом на бесплатном хостинге - отправляются.
Если открыть файл с помощью phpstorm через winscp - изменения отправляются. Вот только нужно чтобы они отправлялись при работе с проектом созданном на основе существующих файлов.
В чем тут может быть дело?