Если не обновлял Битрикс (некоторые обновления могут менять структуру БД), то БД отдельно восстанови и всего делов.
В ином случае надо писать модуль или отдельный скрипт, который создает отсутствующих пользователей, заказы, оплаты и отгрузки. Плюс еще там небольной тюнинг отдельных полей через прямой доступ к БД нужен, а то будет, к примеру, всё повторно в 1С выгружено. Если бизнес-процессы настроены на какие-то стадии, то их тоже надо дернуть\заглушить будет.
В общем работы где-то на 20 часов, если уже делал, если нет, то на 2 недели копаться.