Нужный пункт меню хранится в файлах *.menu.php:
Редактируем меню с помощью встроенного редактора. Нужно редактировать в "Расширенном режиме".
Для нужного пункта меню создаем параметр, например DISABLE_CHILD
В шаблоне компонента bitrix:menu делаем проверку этого параметра
$arItem["PARAMS"]["DISABLE_CHILD"] == "Y"
Нужный пункт меню сформирован в файле *.menu_ext.php:
Читаем код файла *.menu_ext.php и находим где формируется этот пункт меню. Там надо добавить в массив пункта меню параметр как выше.
Как пример пункт меню может формироваться из разделов ИБ в компоненте bitrix::menu.sections. Тогда копируем компонент в свое пространство имен -> в component.php нового компонента добавляем код, который будет задавать такой параметр из USER_FIELD свойства раздела. ->
Дальше выполняем такую же проверку как в прошлом пункте.
Выводится с помощью bitrix:catalog.section:
У раздела создаем USER_FIELD свойство, в шаблоне компонента выполняем проверку на его наличие.
Выводится с помощью чего нибудь кастомного:
читаем код, ищем что есть этот пункт меню. Чаще всего это разделы ИБ (редко элементы ИБ). Добавляем USER_FIELD свойства для раздела или же обычное свойство для элемента ИБ. А уже потом как до этого проверяем их значения в шаблоне компонента