На все ссылки, которые ведут к страницам сайта, добавляешь addEventListener, в нем блокируешь поведение e.preventDefault(), и делаешь ajax запрос к сайту по нужному url. После загрузки подменяешь содержимое страницы и так по кругу.
А еще у MODX есть плагины, и если научиться гуглить, то в первом же результате буде нужный плагин:
https://modx.com/extras/package/modajaxifyasimplea...