префаб = заготовка/чертеж/эскиз объекта
она НЕ МОЖЕТ!! иметь ссылки только внутри себя и глобальные из ресурсов и подобное.
если нужно сохранить - сохраняйте ссылки в сцене (к примеру какой-нибудь компонент на объект в сцене аля SceneRefs).
Или не инстанцируйте - а храните сразу на сцене объект.
но главное в ответе - уяснить, что не выйдет сохранить то что вы хотите, не для того префабы делались)(как вы такой с ссылками и прочим (не внутри себя ссылки) - будете использовать за пределами этой вот сцены ?? или если сцена изменится))