Использовать один конфиг с двумя entrypoint?
Лучше использовать разные конфиги с shared частью. Для сервера, например, нет смысла тянуть в бандл зависимости из node_modules. Переменные окружения могут иметь разные значения и тд.
Возможно ли будет прикрутить hot-reload?
Возможно.
Как настроить webpack для expressjs backend и frontend?
Тут все зависит от задач, которые перед вами стоят и набора инструментов которые вы хотите использовать. Примеры можете посмотреть в многочисленных статьях на эту тему и на Github.