На хостинге мой сайт установлен как дополнительный домен (www.сайт 1). Во время установки доп. домена, cPanel также создает поддомен для него, в вашем случае это www.сайт 1/сайт 2.
www.сайт 1/сайт 2 - такой истории быть не должно, только www.сайт 1.
Сайт 2 - это основная папка на хостинге.
Тех. поддержка хостинга ответила, что правильно указать каноническую ссылку? Движок джумла.
Движок не причем, этот вопрос решается на уровне панели управления хостингом. Как - зависит от настроек хостинга. Уточните, что имела ввиду тех. поддержка под канонической ссылкой, т. к. канонические ссылки - это сеошное понятие, подразумевающее применение тега с rel="canonical" в хеде страницы.