Так-то в app.js из коробки как раз и стоит bootstrap полностью работающий, если вы сверху подключили еще один, то понятное дело что всё сломается.
В app.js это не библиотека, а ваше собранное приложение т.е. весь фронт.
Из коробки там сразу стоит vue, bootstrap и еще по мелочи всякие настройки. Опционально вообще меняется на react с помощью одной команды artisan.