Собственно вопрос, как сделать такую интеграцию?
общая база данных, проще и оптимально, если не планируете обновлять cms или уверенны, что структура базы не изменится. Иначе api.
Возможно уже существуют какие-либо готовые решения либо вообще нет смысла тянуть сюда Yii2 и лучше дорабатывать функционал магазина?
возможно, кто ж знает что Вы делать планируете. "систему для обработки заказов" - это ни о чем. Гугол вариантов.
Хотелось бы узнать мнения специалистов на этот счёт.
На какой счет? Как определить инструмент для разработки не имея ТЗ? Специалисты так не делают. Хотя бы бриф. Нельзя выбрать framework для "что-то про crm"