Все файлы всегда генерируются сначала в память, а потом уже сохраняются на диск или сразу же из памяти отдаются.
Если у вас файл это текстовик, генерируемый на лету одним потоком, если задача не сверх ресурсоёмкая. То советую вместо сохранения его и отдачи с диска, лучше по запросу генерировать и отдавать из памяти пользователю, пропуская этап сохранения на диск.
Но если всётаки обойтись без сохранения нельзя, то используйте любой планировщих задач, будь то CRON или Celery, а данные о файлах или храните в базе (путь и дата создания) или скриптом пробегайте по папке и удаляйте все файлы с временем жизни больше N. Но лучше в базе такое хранить и не мучить диск.
