Object.entries(Obj).reduce((acc, [ k, v ]) => ((acc[v] = acc[v] || []).push(k), acc), {})
В результате получится объект, ключи которого - это значения свойств исходного объекта, значения - массивы соответствующих ключей. Чтобы узнать, сколько раз встречалось то или иное значение, достаточно просто получить длину нужного массива.