Вот, смотри утилиты под Ubuntu:
apt-cache search ^pdf
pdf2djvu — PDF to DjVu converter
pdf2svg — converts PDF documents to SVG files (one per page)
pdfcrack — PDF files password cracker
pdfcube — PDF document viewer with 3D effects
pdfjam — collection of PDF document handling utilities
pdfposter — scale and tile PDF images/pages to print on multiple pages
pdfsam — PDF Split and Merge
pdftoipe — converts arbitrary PDF file to XML file readable by Ipe
python-pdftools — PDF document reading classes
и
apt-cache search ^djvu
djvulibre-bin — утилиты для работы с изображениями в формате DjVu
djvulibre-plugin — модуль браузера для изображений в формате DjVu
Я смотрел pdf-utils. Интересная утилита. Но с DJVU утилитами не работал. На всякий случай посоветую ещё кроссплатформенные утилиты flash (иногда неожиданно требуются ;):
swftools.