https://habr.com/company/badoo/blog/434272/
почитайте как они использовали RoadRunner.
Идея в том, чтобы иметь некий прокси, который проверит авторизацию, и если всё ок, то передаст запрос дальше в приложение. Если пользователей не много, и оперативки хватает, то можно данные необходимые для проверки jwt токена и наличия прав держать постоянно в памяти. Будет работать сверхбыстро, и лишние запросы до Flask не доберутся.
А раз так, то можно подумать и о кешировании ответа. Смотря что у вас за данные отдаются.