python... вы выбрали максимально неудобный инструмент под вашу задачу.
Если у вас windows, то у вас есть шансы что вы сможете это сделать относительно просто (с другими операционными системами все гораздо сложнее), но искать ответ вам нужно с низов
ищите ваше окно
https://docs.microsoft.com/en-us/windows/desktop/a...
определяете его положение
https://docs.microsoft.com/en-us/windows/desktop/a...
заранее создаете свое окно
https://docs.microsoft.com/en-us/windows/desktop/a...
указав в стилях что вам не нужны ни бордюры ни заголовки и что оно модальное, поверх других окон
и перемещаете его в нужное место на экране
https://docs.microsoft.com/en-us/windows/desktop/a...
содержимое окна рисуете в колбеке ON_PAINT
https://docs.microsoft.com/ru-ru/windows/desktop/w...
Не сомневаюсь, для python написаны соответствующие врапперы.
Кстати рисовать и двигать окно не обязательно низкоуровневыми функциями, можно найти какой-нибудь готовый фреймворк для интерфейса под python, тот же qt
