Сильно осложнит тем, что не будет нормального контроля версии кода и не будет возможности вызова composer для скачивания зависимостей проекта, а придется эти все файлы гонять через сеть и следить самому за обновлениями. Хотя если использовать git over (s)FTP то как-то можно жить. На многих shared хостингах ssh отключен, но по запросу быстрее всего смогут включить.