В иллюстраторе, как и в прочих графических редакторах, порядок отображения слоев/объектов — снизу вверх, верхний перекрывает нижнего.
В SVG, как и в HTML — сверху вниз.
Иллюстратор сохраняет порядок
отображения объектов.
Если нужно, можно реверсировать перед экспортом: