Можно засунуть в before_request
@app.before_request
def before_request():
lang = request.args.get('lang')
И дальше этот lang подсовывать Flask+babel, так же можно автоматом получать язык юзера.
Если используется блюпринт, то тогда так
app.register_blueprint(main, url_prefix='main/<lang>/')