Где элементы находятся, какой класс и у скольких надо удалить:
const parent = document.querySelector('ul');
const className = 'elem';
const count = 2;
Удаляем:
for (const n of [].slice.call(parent.children, -count)) {
n.classList.remove(className);
}
// или
parent
.querySelectorAll(`.${className}:nth-last-child(-n + ${count})`)
.forEach(n => n.classList.remove(className));
// или
for (
let i = 0, el = parent.lastElementChild;
i < count && el;
i++, el = el.previousElementSibling
) {
el.classList.remove(className);
}