Доброго времени суток!
Если сделать так <a href="https://site.ru/file.php" то браузер откроет этот файл. Как сделать ссылку такой, чтобы скачать этот файл?
Если у вас апач, то можно создать папку для скачивания файлов, к примеру: mySite.ru/downloadFile/
И в .htaccess прописать запрет на "открытие" любых файлов.
Либо же сделать проще и просто прописать во всех ссылках "download>", чтобы выглядело приблизительно так: <a href="https://site.ru/file.php" download>