При открытии из jpg файла на диске обрезка на ctrl+j по выделению работает корректно, при попытке вырезать из New from Clipboard просто дублируется нижний слой без изменений. Баг на баге.
судя по всему "это не баг, это фича".
проблема заключается в том, что из буфера обмена слой ставится как "изображение".
для нормальной работы с этим слоем в режиме "изображение", нужно нажать на слой правой кнопкой и выбрать "растрировать". после чего слой превратится из "изображения" в "пиксельный" и с ним можно будет нормально работать.